純化的DNA在每個(gè)試劑盒的洗脫緩沖液100μL中洗脫,并使用Promega QuantiFluor dsDNA系統(tǒng)進(jìn)行定量。通過(guò)使用純化DNA的10X,100X和1000X稀釋的16S細(xì)菌特異性引物進(jìn)行實(shí)時(shí)PCR來(lái)分析來(lái)自兩個(gè)試劑盒的純化DNA的質(zhì)量。...
他們使用mock群落,其中包含了數(shù)量相同的11種與人類關(guān)聯(lián)的細(xì)菌。根據(jù)今年3月發(fā)表在《PLoS ONE》雜志上的一篇文章,研究人員分析了mock群落中的16S rRNA基因序列,發(fā)現(xiàn)六種DNA提取方法在觀察到的物種豐度和預(yù)計(jì)的物種豐度之間都存在明顯差異。3 換句話說(shuō),沒(méi)有一種方法能準(zhǔn)確代表mock群落的細(xì)菌多樣性。 ...
氨氧化反應(yīng)是硝化作用的第一步,也是全球氮循環(huán)中由微生物活動(dòng)形成硝化鹽的重要進(jìn)程。Leininger[11]檢測(cè)了3個(gè)氣候區(qū)域12塊原始和農(nóng)業(yè)用地的土壤里編碼氨單加氧酶(amoA)的一個(gè)亞基的基因豐度。采用反向轉(zhuǎn)錄定量PCR研究及無(wú)需克隆的焦磷酸測(cè)序技術(shù)對(duì)互補(bǔ)DNA測(cè)序,證實(shí)古細(xì)菌的氨氧化活性要遠(yuǎn)高于細(xì)菌,證實(shí)Crenarchaeota可能是土壤生態(tài)系統(tǒng)中最富有氨氧化活性的微生物。...
分子生態(tài)學(xué)技術(shù)在環(huán)境污染研究中的應(yīng)用 2.1 污染環(huán)境微生物種群動(dòng)態(tài)的分析 在微生物系統(tǒng)分析中,16SrRNA:DNA的比率是檢測(cè)復(fù)雜的微生物種群特定成員代謝活動(dòng)的有效參數(shù).核酸可以通過(guò)以專一性和通用型探針?lè)謩e與直接從微生物樣品中分離的總核苷酸進(jìn)行雜交,可獲得相對(duì)于總16SrRNA的特定16SrRNA數(shù)量,其相對(duì)豐度可以用與專一性探針和通用型探針雜交的殘余放射性強(qiáng)度之比來(lái)表示.在穩(wěn)定的條件下...
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