主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)是將原本鑒定到的所有代謝物重新線性組合,形成一組新的綜合變量,同時(shí)根據(jù)所分析的問(wèn)題從中選取2-3個(gè)綜合變量,使它們盡可能多地反映原有變量的信息,從而達(dá)到降維的目的。同時(shí),對(duì)代謝物進(jìn)行主成分分析還能從總體上反應(yīng)組間和組內(nèi)的變異度??傮w樣本PCA分析采用PCA的方法觀察所有各組樣本之間的總體分布趨勢(shì),找出可能存在的離散樣本,綜合考慮各種因素(樣品數(shù),樣品珍貴程度,離散程度)決定離散點(diǎn)的除去與否。所有樣本PCA得分圖見下圖(對(duì)樣本進(jìn)行兩兩分析的PCA得分圖)。
圖1 主成分分析得分圖
百泰派克采用XCMS軟件對(duì)代謝物離子峰進(jìn)行提取。將25個(gè)實(shí)驗(yàn)樣本和QC樣本提取得到的峰,歸一化后進(jìn)行PCA分析,如圖所示QC樣本(黑色) 緊密聚集在一起,表明本次試驗(yàn)的儀器分析系統(tǒng)穩(wěn)定性較好,試驗(yàn)數(shù)據(jù)穩(wěn)定可靠,在試驗(yàn)中獲得的代謝譜差異能反映樣本間自身的生物學(xué)差異。
圖2 總樣品的PCA得分圖
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