2023年3月29日上海 —— “質(zhì)譜組學(xué)賦能轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)與藥物開發(fā)前沿論壇”在上海張江成功舉辦。本次論壇由上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）、中國科學(xué)院上海藥物研究所、國家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心（上海）質(zhì)譜平臺、布魯克（北京）科技有限公司主辦，上海市生物醫(yī)藥行業(yè)協(xié)會、上海市浦東新區(qū)生物產(chǎn)業(yè)行業(yè)協(xié)會、上海張江生物醫(yī)藥基地開發(fā)有限公司作為支持單位。本次論壇邀請到了復(fù)旦大學(xué)陸豪杰教授、北京協(xié)和醫(yī)院醫(yī)學(xué)科學(xué)研究中心黃超蘭教授、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院國家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心（上海）印彤研究員、中國科學(xué)院上海藥物研究所高級工程師劉佳、復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院江一舟教授等專家圍繞復(fù)雜疾病發(fā)生發(fā)展機制、臨床多組學(xué)研究及轉(zhuǎn)化應(yīng)用等主題進行探討，分享最新技術(shù)進展、臨床應(yīng)用及藥物開發(fā)研究。
會議現(xiàn)場
本次論壇由生物芯片上海國家工程研究中心專職副主任、上海生物芯片有限公司常務(wù)副總經(jīng)理韓峻松博士進行開幕致辭，韓博士表示近三年來，疫情給大家?guī)砹撕芏喔淖?，人們對于健康的關(guān)注度越來越高，這推動了各種組學(xué)的研究不斷發(fā)展。在各類組學(xué)的發(fā)展過程中，質(zhì)譜發(fā)揮了重要的作用。本次質(zhì)譜組學(xué)賦能轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)與藥物開發(fā)前沿論壇的展開，主要目的在于探討和研究如何利用質(zhì)譜技術(shù)來尋找合適的靶點，為轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)和藥物開發(fā)作出前沿探索，并利用質(zhì)譜技術(shù)找到的靶點來實現(xiàn)真正的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)和藥物開發(fā)。韓峻松博士希望借助本次論壇能夠傳播前沿技術(shù)進展，促進行業(yè)交流，并預(yù)祝論壇取得圓滿成功。
生物芯片上海國家工程研究中心專職副主任、上海生物芯片有限公司常務(wù)副總經(jīng)韓峻松博士進行開幕致辭
在本次論壇的圓桌會議上，嘉賓們就以下主要問題展開了熱烈討論：
圓桌討論：
主持人：中科院上海藥物研究所高級工程師劉佳；
嘉賓：北京協(xié)和醫(yī)院醫(yī)學(xué)科學(xué)研究中心黃超蘭教授、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院國家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心（上海）印彤研究員、蘇州艾凱利元生物科技公司醫(yī)學(xué)總監(jiān)于亮博士
報告回顧
陸豪杰?教授
復(fù)旦大學(xué)
《蛋白質(zhì)多修飾組學(xué)臨床應(yīng)用展望》
近年來，臨床蛋白質(zhì)組學(xué)已被證實在疾病的早期診斷、預(yù)后和病情發(fā)展監(jiān)測中發(fā)揮重要作用，對翻譯后修飾的研究旨在超越基因組、轉(zhuǎn)錄組所注釋的范圍，對實際執(zhí)行功能的蛋白質(zhì)進行分析。蛋白質(zhì)組學(xué)在科學(xué)研究方面具有發(fā)現(xiàn)功能性修飾、發(fā)現(xiàn)藥物靶點，研究藥物脫靶、研究病原感染機制等優(yōu)勢。報告介紹了超濾輔助樣品制備和非標記定量發(fā)現(xiàn)心血管并發(fā)癥的糖化蛋白標志物、乳腺癌細胞MCF-7 HNE修飾組、蛋白質(zhì)棕櫚酰化修飾(Palmitoylation, S-acylation)、豬精子細胞膜蛋白N-糖鏈鑒定等相關(guān)研究。
黃超蘭?教授
北京協(xié)和醫(yī)院醫(yī)學(xué)科學(xué)研究中心《Frontier Omics Technology Advances the Development of Biological and Translational Research》
報告介紹了發(fā)現(xiàn)階段特異性生物標志物以揭示HepB肝病的進展機制，并指出高質(zhì)量的QC數(shù)據(jù)是驗證和轉(zhuǎn)換成功的關(guān)鍵。通過綜合多組學(xué)建模，集成了不同類型的數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)了具有特定功能的階段特異性生物標志物：Fibrosis（纖維化）、HCC2（肝癌早期）、LC2（重度肝硬化）、HCC1（肝癌早早期）、HCC4（肝癌晚期）、HCC3（肝癌中期）、LC1（輕度肝硬化）和CHB（慢性乙肝）。這一技術(shù)將藥物開發(fā)進程由10-17年縮短至3-5年。
印彤?博士 研究員
上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院，國家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心（上海）質(zhì)譜平臺負責(zé)人
《蛋白組學(xué)在轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用》
轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)核心是在實驗室與臨床之間架起雙向快速通道，實驗室研究的成果能迅速有效地應(yīng)用到臨床；而臨床的需求又能及時反饋到實驗室，進行更深入的研究。研究內(nèi)容涉及生物標志物的發(fā)現(xiàn)與應(yīng)用，疾病的分子分型與個體化治療；疾病的治療監(jiān)測和預(yù)后的評估；探索腸道代謝產(chǎn)物在腫瘤免疫治療中的作用及靶點藥物開發(fā)等。報告介紹了臨床大隊列蛋白質(zhì)研究方案：臨床需求、樣本采集、樣本前處理、非靶向蛋白組學(xué)/靶向蛋白組學(xué)、蛋白質(zhì)鑒定、數(shù)據(jù)深度分析、功能研究與驗證，并介紹了胰腺癌蛋白組和磷酸化蛋白組研究、急性髓細胞白血病(AML)的蛋白組研究、血栓前期患者的血漿蛋白組研究等實際案例。
江一舟?教授
復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院乳腺外科,副主任醫(yī)師，研究員，博導(dǎo)，復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院學(xué)科辦主任
《三陰性乳腺癌的復(fù)旦分型和精準治療》
乳腺癌是女性發(fā)病率最高的惡性腫瘤，中國年發(fā)病率增速全球第一。三陰性乳腺癌惡性程度最高，治療效果不佳，如何改善三陰性乳腺癌療效成為臨床難題。報告介紹了江一舟團隊建立與臨床療效密切相關(guān)的TNBC四分型體系，明確各分型的特異靶標，提出了分子分型基礎(chǔ)上的TNBC精準治療策略。在臨床轉(zhuǎn)化方面，研究團隊開發(fā)臨床實用的分型試劑盒，授權(quán)發(fā)明專利并轉(zhuǎn)化，完成>3000例分型檢測，其中“無藥可用”患者有效率29.0%，免疫治療組有效率52.6%。數(shù)據(jù)表明“復(fù)旦分型”指導(dǎo)的精準治療顯著改善難治性三陰性乳腺癌療效但仍有完善提升空間。未來江一舟團隊將持續(xù)豐富組學(xué)層次，拓展精準內(nèi)涵，開發(fā)高效新藥。
劉佳?博士 教授級高級工程師
中國科學(xué)院上海藥物研究所
《基于MALDI質(zhì)譜專屬探針和機器學(xué)習(xí)的空間代謝組學(xué)與疾病》
報告首先介紹了基于質(zhì)譜探針的代謝組學(xué)——從非靶向/靶向分析到定向分析，成熟的基于LC-MS的靶向和非靶向代謝組學(xué)工作流程為臨床問題和科學(xué)問題的解答奠定了基礎(chǔ)，代謝組學(xué)技術(shù)為闡明腸道菌群與人類健康的關(guān)系提供了依據(jù)。
報告指出通過LC-MS直接分析2/3-OHUFA存在標準品合成難度大、離子化效率低、同分異構(gòu)體結(jié)構(gòu)差異小等難點，通過建立同位素標記輔助鑒定213-0HUFA的方法，建立了對全血中硫化物和含硫基代謝物同時定性與定量的分析策略。
報告還介紹了機器學(xué)習(xí)賦能質(zhì)譜分析：從“人工”到“人工智能”。通過“人工智能”提出一種用戶友好的可自定義的分子砌塊提取方法，在LC-MS/MS檢測中可快速篩查復(fù)雜基質(zhì)中有質(zhì)譜碎裂特征的化合物。除了特征的子離子、中性丟失以外，子離子豐度、連續(xù)的中性丟失也首次被整合定義為分子特征。通過靶向倍半萜內(nèi)酯二聚體的特征，分離并鑒定了12種倍半萜內(nèi)酯二聚體，其中9種為新化合物。
蔣敏?服務(wù)平臺部產(chǎn)品經(jīng)理
上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）
《高通量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)加速臨床隊列研究》
樣本是所有研究能否進行的關(guān)鍵，特別是稀有珍貴的臨床樣本，檢測技術(shù)是能否實現(xiàn)生物標志物有效發(fā)現(xiàn)的重要手段。生物標志物研究中，血漿蛋白組學(xué)是主要樣本載體，可用于健康及疾病評估。報告介紹了超去高峰度血樣本Direct DIA蛋白質(zhì)組學(xué)檢測產(chǎn)品 (4D Super Blood dDIA)，其優(yōu)勢在于生物磁珠去除高峰度蛋白、4D檢測降低上樣量，提高檢測靈敏度、采用DIA數(shù)據(jù)采集模式、機器學(xué)習(xí)算法助力生物標志物研究。報告還介紹了LC-MS/MS用于酒精相關(guān)肝病的無創(chuàng)標志物篩選，該研究通過DIA-MS蛋白組學(xué)技術(shù)，對配對的肝臟-血漿進行蛋白質(zhì)組分析來推斷分子病理特征并從血漿蛋白質(zhì)組結(jié)果確認診斷和預(yù)后的能力（137名對照和459名ALD患者，其中360人的活檢組織進行組織學(xué)特征評估）。在血漿和肝活檢組織中，代謝功能被下調(diào)，而與纖維化相關(guān)的信號傳導(dǎo)和免疫反應(yīng)被上調(diào)。通過機器學(xué)習(xí)建模篩選到的蛋白標志物panel比現(xiàn)有的臨床方法能更準確地檢測到顯著纖維化和輕度炎癥。
杜瀟賢?蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用主管
布魯克·道爾頓
《單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)助力疾病研究精細化解析》
基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)已成為現(xiàn)代研究理解生物功能和疾病機制的主要工具。健康或疾病組織看起來是同質(zhì)的，但其蛋白質(zhì)組是非常不同的。破解每個細胞中的蛋白組的差異（細胞異質(zhì)性）是充分理解其功能的關(guān)鍵。單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)研究對質(zhì)譜靈敏度提出了更高要求。布魯克timsTOF SCP采用了一個全新改進的離子源概念，結(jié)合平行積累連續(xù)碎裂（PASEF?）采集方法的優(yōu)勢，提供了極高的速度和靈敏度，以應(yīng)對單細胞的蛋白組或后幾個細胞的翻譯后修飾的分析挑戰(zhàn)。報告介紹了基于timsTOF SCP的布魯克單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)分析完整流程，涵蓋從單細胞分選，前處理到數(shù)據(jù)結(jié)果。同時介紹了基于timsTOF SCP平臺的一些前沿工作。研究人員基于timsTOF SCP平臺開發(fā)的4D-LFQ單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，可以準確可靠地檢測單個細胞中的蛋白質(zhì)組及其變化，并將蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)與單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行對比，再次強調(diào)蛋白質(zhì)組可以產(chǎn)生與RNA測序的補充信息。同時，介紹了一種基于超高靈敏度質(zhì)譜技術(shù)的空間蛋白質(zhì)組學(xué)方法—深度可視蛋白質(zhì)組學(xué) (Deep Visual Proteomics，DVP)。DVP技術(shù)可無偏向性地將細胞表型、異質(zhì)性和動力學(xué)與蛋白質(zhì)組水平相關(guān)聯(lián)。研究者隨后將DVP方法用于腫瘤臨床FFPE組織樣本分析，可以定義空間特征的癌組織異質(zhì)性。
于亮?博士，醫(yī)學(xué)總監(jiān)
蘇州艾凱利元生物科技公司
《探索腸道代謝產(chǎn)物在腫瘤免疫治療中的作用及靶點藥物開發(fā)》
免疫檢查點抑制劑治療面臨的問題在于原發(fā)藥物敏感性以及繼發(fā)耐藥?？梢酝ㄟ^蛋白組學(xué)探索Inosine靶點，利用嘌呤代謝物靶向免疫原性調(diào)節(jié)蛋白，開發(fā)下一代腫瘤免疫治療藥物。報告介紹了艾凱利元基于iPSC底層技術(shù)開發(fā)通用型細胞療法，利用iPSC二代重編程+高效分化平臺+智能細胞平臺實現(xiàn)顛覆性創(chuàng)新。艾凱開發(fā)的iCam-iNKR 在患者來源腫瘤類器官展現(xiàn)出高效的腫瘤殺傷效力，未來將利用組學(xué)方法探索腫瘤微環(huán)境對iPSC來源免疫細胞功能和存續(xù)的影響。
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