SYBR Green染料法介紹
TaqMan探針法因其良好的特異性以及可多重檢測而受到實驗人員的青睞,其實除了探針法外,還有很多好的實驗方法也被實驗人員廣泛認可,這次就介紹一下另一個應(yīng)用廣泛的方法:SYBR Green染料法,它又是因為哪些優(yōu)點獲得實驗人員的青睞呢?
染料法原理
染料法一般使用的是SYBR Green I染料,這是一種可以與雙鏈DNA小溝結(jié)合的熒光染料,其不會與單鏈DNA結(jié)合,且在游離狀態(tài)下幾乎無熒光,只有與雙鏈DNA結(jié)合才會發(fā)出熒光,因此將PCR擴增產(chǎn)生的雙鏈DNA數(shù)量與熒光強度直接關(guān)聯(lián),產(chǎn)生實時監(jiān)測的效果。
SYBR Green染料法優(yōu)點
? ?通用性好,適合進行大多數(shù)類型的定量反應(yīng),可以進行熔解曲線的分析。
? ?無需設(shè)計探針,引物設(shè)計相對簡單,不用考慮基團選擇,易于上手;成本低,無需合成探針。
? ?無需PCR后處理,減少分析工作量并節(jié)省材料成本。
SYBR Green染料法缺點
SYBR Green染料法也有其缺點,SYBR Green染料法一個反應(yīng)只能檢測一個基因,無法進行二重甚至多重的實驗。同樣的相對于TaqMan探針法其特異性較差,當引物存在二聚體或者非特異性擴增時,染料同樣可以結(jié)合并發(fā)出熒光,影響定量結(jié)果。因此對于SYBR Green染料法而言,設(shè)計一套好用的引物是重中之重。
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設(shè)計好引物后,我們該怎么進行實驗呢?
1.實驗條件的優(yōu)化
我們需要對設(shè)計的引物擴增效果進行分析,使用陽性模板進行擴增,確定擴增產(chǎn)物為單一條帶,且大小符合設(shè)計預期,如有條件可以對擴增產(chǎn)物進行測序,保證準確性。當引物無問題后,進行反應(yīng)條件的探索,對退火溫度進行溫度梯度檢測,找到合適的退火溫度,即PCR擴增效果最好,陰性模板無擴增,條帶單一,熔解曲線單峰等。
2.預實驗
設(shè)計好引物并探索好實驗條件后,對樣本進行一次預實驗,預實驗將樣本進行梯度稀釋用以制作標準曲線,分析內(nèi)參基因以及目的基因的擴增效率是否接近且在100%左右,其次可確認高濃度模板中是否有抑制劑干擾,從而確定實驗時合適的模板濃度(樣本是否需要稀釋或濃縮)。
3.正式實驗
當我們完成了實驗條件和預實驗后就可以進行正式實驗了,每個樣品都需要3個或以上的重復,保證結(jié)果的準確性。
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