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搞定恒溫擴增分子診斷(RPA/RAA)

2021.6.29


分子診斷技術今日不同以往,著實借力突飛猛進,恒溫擴增技術由于其擴增期間不需要特殊的儀器設備而更受矚目。恒溫擴增方法有多種,今天就回顧RPA/RAA,讓大家一文通俗搞定!


為了確保大家所認知的基本概念是一致的,請先了解以下名詞解釋

  • 重組酶聚合酶擴增技術,RPA, recombinase polymerase amplification

  • 重組酶介導的擴增技術,RAA, recombinase-aidamplification

  • 重組酶,recombinase,同引物形成蛋白-核酸復合物,指導引物與模板結合,起到定位作用;幫助DNA 模板的解鏈和促使模板與引物之間發(fā)生鏈替換。

  • 單鏈DNA結合蛋白,SSB, single stranded DNA binding。同置換出來的單鏈DNA結合,防止DAN配對兩條鏈再次結合。

  • DNA聚合酶,DNA polymerase,以DNA為模板,利用dNTP合成子代DNA。

  • 核酸內切酶,endonuclease,可水解分子鏈內部磷酸二酯鍵生成寡核苷酸。

  • Nfo,來源于細菌的核酸內切酶,且更傾向于作用于3′凹末端的雙鏈DNA,參與DNA損傷修復。


RPA和RAA的工作原理

相同點:

  • 3種關鍵酶或蛋白:重組酶、單鏈結合蛋白和DNA聚合酶;
  • 在37℃恒溫下進行核酸快速擴增;

?唯一不同點酶的來源不同,推測主要時因為ZL限制問題。

  • RPA的重組酶來源于T4噬菌體;
  • RAA的重組酶來源于細菌或者真菌。

?

下面以RPA操作原理為主進行系統(tǒng)的應用介紹

RPA工作原理要點:

1、在ATP存在條件下,重組酶與引物結合, 形成蛋白-核酸聚合體,并搜索配對目標;

2、當引物尋找到配對DNA模板,ATP水解供應能量,重組酶離開引物,并在DNA聚合酶的作用下合成新DNA鏈;

3、同時,單鏈DNA結合蛋白(singlestrandedDNA binding, SSB)同被置換出來的DNA單鏈進行結合,防止DNA模板再次形成雙鏈。


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RPA原理圖

?

基于RPA方法的探針檢測法

工作原理要點:

1、在RPA系統(tǒng)中,添加特異性探針;
2、探針中引入四氫呋喃修飾位點,四氫呋喃修飾核苷酸在DNA聚合酶作用下,可以幾乎100%效率實現(xiàn)DNA鏈延伸;
3、在四氫呋喃修飾位點的臨近處偶鏈發(fā)光基團和淬滅基團;
4、當探針同靶序列結構形成雙鏈DNA,Nfo在巡視過程中遇到四氫呋喃修飾位點則認為DNA出現(xiàn)損傷需要進行修復,故對探針上的該位點進行剪切,從而釋放熒光基團;
5、剪切后的探針,具有游離3‘-OH,所以可以作為引物繼續(xù)合成新模板;
6、使用不同的熒光探針,可以實現(xiàn)多重PCR檢測。

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基于RPA開發(fā)的探針法


介于RPA方法膠體金層析檢測法

工作原理要點:

1、同樣在RPA系統(tǒng)中,引物5‘端標記生物素;
2、添加探針,探針同樣帶有四氫呋喃修飾位點,5’端帶有熒光基團FAM,3‘端進行修飾,使得無法延伸;
3、當探針同由5‘端帶有生物素標記的引物擴增的靶DNA產物配對時,Nfo切割探針,形成游離3‘-OH,可以作為引物繼續(xù)延伸,合成子代靶DNA序列;那么子代靶DNA序列就會同時帶有FAM熒光基團和生物素。
4、膠體金顆粒上標記抗FAM熒光基團的抗體;
5、NC膜上包被 C線為抗FAM的抗抗體;T線為抗生物素抗體,這樣就會在T線去形成抗生物素抗體/生物素-目標靶系列-FAM/抗FAM抗體-膠體金的陽性復合物。

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基于RPA開發(fā)的膠體金層析法


?小結

  • RPA/RAA整個反應非常速度,約30min就可以得到結果;

  • 靈敏度可達10copies/ul;

  • 擴增引物長度30-35bp,太短引物會影響特異性、靈敏度和擴增速度;

  • 且擴增期間不需要復雜的儀器;

  • 在此基礎上開發(fā)的探針法或膠體金層析法都大大簡化了檢測結果的使用儀器,可以更好的滿足不具備分子檢測條件的基層或者經(jīng)濟較為落后的地區(qū)。


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