體外診斷IVD-簡單了解分子診斷之FISH技術(shù)(T15)
分子診斷的主要技術(shù)有核酸分子雜交(FISH)、聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)、基因檢測技術(shù)和生物芯片技術(shù)(gene chip)。
熒光原位雜交技術(shù)(fluorescence in situ hybridization,F(xiàn)ISH):是一種應(yīng)用非放射性熒光物質(zhì)依靠核酸探針雜交原理在核中或染色體上顯示DNA序列位置的方法。
FISH的基本原理是用已知的標(biāo)記單鏈核酸為探針,按照堿基互補(bǔ)的原則,與待檢材料中未知的單鏈核酸進(jìn)行特異性結(jié)合,形成帶顏色的雜交信號(hào),從而在顯微鏡下進(jìn)行目的基因的定位檢測觀察。
一、FISH流程
1、 根據(jù)目的基因信息設(shè)計(jì)合成帶標(biāo)記的特異性探針;
2、 待測樣本制備(組織切片,細(xì)胞爬片);
3、(1)探針變性:將探針在75℃怛溫水浴中溫育5min,立即置0℃,5~10min,使雙鏈DNA探針變性。
(2)標(biāo)本變性:將標(biāo)本于50℃培養(yǎng)箱中烤片2~3h;玻片標(biāo)本,將其浸在70~75℃的體積分?jǐn)?shù)70%甲酰胺/2×SSC的變性液中變性2~3min;立即按順序?qū)?biāo)本經(jīng)體積分?jǐn)?shù)70%、體積分?jǐn)?shù)90%乙醇系列脫水,每次5min,然后空氣干燥。
4、雜交、將已變性或預(yù)退火的DNA探針10mL滴于已變性并脫水的玻片標(biāo)本上,蓋上18×18蓋玻片,用Parafilm封片,置于源潮濕暗盒中37℃過夜(約15~17h)。
5、顯微鏡下觀察信號(hào),結(jié)果分析。
二、FISH技術(shù)優(yōu)缺點(diǎn)
? ?優(yōu)點(diǎn):
?? ?1、熒光試劑和探針經(jīng)濟(jì)、安全;
? ?2、探針穩(wěn)定,一次標(biāo)記后可在兩年內(nèi)使用;
? ?3、實(shí)驗(yàn)周期短、能迅速得到結(jié)果、特異性好、定位準(zhǔn)確;
? ?4、FISH可定位長度在1kb的DNA序列,其靈敏度與放射性探針相當(dāng);
? ?5、多色FISH通過在同一個(gè)核中顯示不同的顏色可同時(shí)檢測多種序列;
? ?缺點(diǎn):
? ?1、不能達(dá)到100%雜交,特別是在應(yīng)用較短的cDNA探針時(shí)效率明顯下降。
三、FISH技術(shù)臨床運(yùn)用
? 1、疾病診斷
?? ?1)地中海貧血基因檢測:定性檢測地中海貧血基因突變。
? ?2)BCR/ABL融合基因檢測:檢測白血病骨髓細(xì)胞中BCR/ABL融合基因的存在。
? 3)AML1/ETO融合基因檢測:定性檢測白血病患者骨髓樣本中的AML1/ETO融合基因,僅用于初治病人的分子分型的輔助診斷。
? ?4)PML/RARA融合基因檢測:定性檢測白血病患者骨髓樣本中的PML/RARA融合基因,僅用于初治病人的分子分型的輔助診斷。
? ?5)肝炎病毒基因分型檢測:乙型肝炎和丙型肝炎分型檢測
? ?6)解脲脲原體基因分型檢測:定性對(duì)人泌尿生殖道樣本中解脲脲原體的分型檢測。
? ?7)人乳頭瘤病毒(23個(gè)型)基因分型檢測:定性檢測尿道分泌物、宮頸脫落細(xì)胞、疣體細(xì)胞等樣本中人乳頭瘤病毒(HPV)基因型別。
? ?8)新型冠狀病毒2019-nCoV核酸檢測:心冠病毒檢測。
? ?9)分枝桿菌菌種鑒定基因檢測:定性檢測人痰液樣本中的如下所示種(群)的分枝桿菌。
? ?10)淋球菌/沙眼衣原體/解脲脲原體檢測:檢測生殖道分泌物、宮頸細(xì)胞樣本中淋球菌、沙眼衣原體、解脲脲原體DNA的存在。
2、用藥指導(dǎo)
? ?1)CYP3A5(A6986G)基因檢測:人外周血基因組DNA 中CYP3A5基因6986位點(diǎn)基因型。用于評(píng)估免疫抑制劑(如環(huán)孢素、他克莫司等藥物)臨床療效和毒副作用和指導(dǎo)免疫抑制劑的個(gè)體化用藥。
? ?2)CYP2C9和VKORC1基因多態(tài)性檢測:華法林(房顫、血栓、肺栓塞等)個(gè)體化用藥指導(dǎo)。
3、產(chǎn)前診斷?
?? ?1)MTHFR (C677T)基因檢測試;定性檢測從人外周血提取的DNA中5,10亞甲基四氫葉酸還原酶(MTHFR)基因677位單核苷酸突變。預(yù)防新生兒出生缺陷、心腦血管等疾病的發(fā)生。
? ? 2)產(chǎn)前染色體數(shù)目檢測:檢測羊水細(xì)胞中13號(hào)、18號(hào)、21號(hào)、X及Y染色體的數(shù)目。
4、在實(shí)體瘤中的應(yīng)用
? ?1)EGFR基因檢測試:定性檢測確診為非小細(xì)胞型肺癌患者的石蠟包埋肺癌組織切片中的EGFR基因擴(kuò)增。
? ?2)ALK基因重排檢測試:用于檢測臨床確診非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)患者石蠟包埋組織切片中ALK基因重排情況.
?? ?3)HER-2/neu基因檢測試:定性檢測確診為乳腺癌患者的石蠟包埋乳腺癌組織切片中的HER-2/neu基因(17q12)擴(kuò)增。
? ?4)TOP2A基因異常檢測:用于檢測臨床確診乳腺癌患者的10%中性福爾馬林固定石蠟包埋組織切片中TOP2A基因異常情況
? ?5)人類K-ras基因突變檢測:用于體外定性檢測臨床確診的結(jié)直腸癌、非小細(xì)胞肺癌患者石蠟包埋組織樣本提取的DNA樣本中K-ras基因外顯子2和3的8種基因突變。
?? ?6)膀胱癌細(xì)胞染色體及基因異常檢測:檢測尿液中脫落細(xì)胞的3號(hào)、7號(hào)、17號(hào)染色體的數(shù)目及9號(hào)染色體上p16基因位點(diǎn)的數(shù)目。
四、自動(dòng)核酸分子雜交儀
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焦點(diǎn)事件