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怎樣尋找不同物種間對應的基因?

關(guān)鍵詞: 不同物種 對應基因來源: 互聯(lián)網(wǎng)

利用 NCBI 可以查詢不同物種間相對應的基因,如與小鼠相近的人類的基因:

人和大鼠是做過全基因組比較基因組學研究的, UCSC 做得最全全面,已有相關(guān)的 paper 發(fā)表。在 UCSC 的 Genome Browser 中,可以通過基因名查詢?nèi)恕⑿∈?、大鼠、雞、猩猩、狗、斑馬魚、河豚這些物種之間的對應或相似的基因。

也可以通過 homologene 來進行查詢:

例題 : 找到跟人的 p21 基因相對應的大鼠基因 .

1. 進入 entrez gene .

2.search gene for p21

To limit your search to a specific field, select:gene name

Limit by Taxonomy: Mammalia: Homo sapiens 3. 選擇第一個 CDKN1A, 在 link 中新窗口打開 homologene得到: R.norvegicus--- Cdkn1a--- cyclin-dependent kinase inhibitor 1A 4. 在大鼠芯片 list 中查找 Cdkn1a,得 :13 17 n0313f03 U33314 Rn.10128 Rattus norvegicus serine/threonine kinase beta-PAK mRNA, complete cds p21 (CDKN1A)-activated kinase 3 Pak3 就這樣找到了和人的 p21 基因?qū)拇笫蠡?Cdkn1a. 如果你對該序列還不是很放心的話,可以將兩條序列進行比對,或者尋找原始文獻確證一下。

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